Nur als kleine Gedächtnisstütze für mich, so konfiguriert man nginx für die Zusammenarbeit mit Owncloud:
apt-get install nginx php5-fpm php-apc
Anschließen legt man unter /etc/nginx/sites-available eine neue Textdatei namens owncloud an und füllt Sie mit dem Inhalt von dieser Seite: http://owncloud.org/support/webserver-notes/
Die Datei wird dann einfach per ln -s /etc/nginx/sites-available/owncloud /etc/nginx/sites-enables/owncloud verlinkt
Auf dieser Seite steht auch was noch so in dieser Datei geändert werden muss damit das ganze läuft, unter anderem muss man auch die SSL Schlüssel wieder auf eine spezielle weise miteinander verknüpfen, ähnlich wie bei Hiawatha.
Eine schöne Anleitung dazu hat StartSSL.
Falls es beim Neustart von nginx irgendein Fehler kommt, dann schaut euch eure Zertifikatsdate noch mal genau an, vielleicht fehlt ein Zeilenumbruch.
Als letztes bearbeiten wir noch die /etc/php5/fpm/pool.d/www.conf und stellen die Listen direktive von Unix Sockets auf Ports um, so das Sie am Ende so aussieht
listen = 127.0.0.1:9000
Nach einem Neustart von nginx und php5-fpm solltet Ihr euren Owncloud Webauftritt erreichen können.
Wie gesagt das ist hier kurz gehalten weil es mir eigentlich nur als Gedächtnisstütze dienen soll.